 
Die Bibliothek der Gesellschaft ist durch Vertrag vom 17. April 1974 (s. Hoppea 49: 243-245) in die Universitätsbibliothek Regensburg als Dauerleihgabe überstellt worden. Seither werden die Bestände von dieser gepflegt, gebunden, katalogisiert und ausgeliehen. Durch den Tausch mit etwa 190 Bänden der Hoppea werden entsprechend viele Zeitschriften fortlaufend bezogen. Der 1974 vorhandene Bestand wurde in dem von Martin MÜLLEROTT erstellten Katalog, veröffentlicht in Hoppea 34/II, dokumentiert. Heute ist der Zugang über den elektronischen Katalog der UB (Javascript aktivieren!) weltweit im Internet möglich. Die Bestände der Regensburgischen Botanischen Gesellschaft von 1790 sind an den Standortsignaturen 240 und 241 (Rara) zu erkennen.
Die Entwicklung der Gesellschaftsbibliothek läßt sich einfach an den Bestandszahlen ablesen: 216 (im Jahr 1805) – 400 (1819) – 800 (1838) – 1.000 (1841) – 9.000 (1897) – 5.000 (1937) – 9.000 (1976) – 10.000 (1980). Auch wenn eine gewisse Unsicherheit dabei gegeben ist, da bei diesen Angaben von den Autoren teilweise die Begriffe "Titel" und "Band" vertauscht wurden, so stimmen doch die Größenordnungen. Hier muss angemerkt werden, dass in den zwanziger und dreißiger Jahren des 20. Jh. viele periodische Schriften verkauft wurden, "um Raum zu gewinnen und die Kassenverhältnisse zu bessern" (KILLERMANN).
Die Tatsache, dass die Gesellschaft während der ganzen Zeit ihres Bestehens über ein eigenes Publikationsorgan ("Botanisches Taschenbuch", "Flora" und "Denkschriften" bzw. heute "Hoppea" und "Regensburger Mykologische Schriften") und damit begehrte Tauschobjekte verfügte, war und ist Anlass für das Anwachsen des Bücherbestandes. Darüberhinaus leisteten viele Mitglieder bei ihrer Aufnahme in die Gesellschaft ihren Obulus in Form einer – manchmal selbstverfassten – Publikation.
Auch heute noch erhält die Gesellschaftsbibliothek immer wieder Geschenke ihrer Mitglieder und Nachlässe, zuletzt die wertvollen Bibliotheksbestände zur Geschichte der Botanik von Karl MÄGDEFRAU. Der Wert der Bibliothek liegt heute vor allem in den Kräuterbüchern und Tafelwerken sowie den Zeitschriftenreihen und Sonderdrucken. Auf letztere weist MÜLLEROTT besonders hin: Ihr Anteil ist bedeutend; viele sind überdies mit Widmungen an die Gesellschaft selbst versehen. Heute verfügt die Gesellschaftsbibliothek über ungefähr 1.000 Rara, d. h. seltenere und wertvollere Werke, die im Gegensatz zum normalen Bestand (240) die Signatur 241 tragen und nur im Lesesaal benutzt werden können:
Literatur
 Herbarium
Flora exsiccata Bavarica
Stiftung Anton-de-Bary-Preis
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